Na Filozofickej fakulte po celú dobu jej existencie pôsobí Akademický senát fakulty. V súčasnosti pôsobiaci senát bol zvolený vo voľbách, ktoré sa uskutočnili v januári 2014, je zložený z 15 členov, z toho 5 členov senátu tvoria študenti. Funkčné obdobie členov senátu fakulty je v zmysle Štatútu fakulty štvorročné, a preto súčasné funkčné obdobie pôsobiacich členov senátu fakulty skončí v januári 2018. Členov zamestnaneckej časti fakulty volia v priamych voľbách s tajným hlasovaním vysokoškolskí učitelia a výskumní pracovníci fakulty. Členov študentskej časti, vrátane doktorandského štúdia, volia študenti fakulty. Práca akademického senátu a jednotlivých členov senátu je orientovaná nielen na samotné zasadnutia tohto orgánu akademickej samosprávy, ale aj na to, aby sa na jeho rozhodnutiach spolupodieľala celá akademická obec. Samotné zasadnutia senátu fakulty sa konajú najmenej dva razy za akademický rok a sú verejné. Do pôsobnosti senátu fakulty patrí schvaľovanie vnútorných predpisov na návrh dekana. Akademický senát fakulty volí kandidáta na dekana, prípadne navrhuje či schvaľuje návrhy rektora na odvolanie dekana, prípadne navrhuje rektorovi osobu, ktorá má byť poverená výkonom funkcie dekana do vymenovanie nového dekana. Akademický senát fakulty vstupuje aj do ďalších dôležitých úloh fakulty. Schvaľuje návrh dekana na vymenovanie a odvolanie prodekanov, členov vedeckej rady. Schvaľuje návrh rozpočtu fakulty a kontroluje nakladanie s finančnými prostriedkami fakulty. Senát schvaľuje aj dlhodobé zámery vo vzdelávacej, výskumnej a inej činnosti fakulty, ako aj dôležité výročné správy o činnosti fakulty a jej hospodárení. Akademický senát venuje každoročne veľkú pozornosť prerokovaniu návrhu študijných programov a schváleniu ďalších podmienok prijatia na štúdium. Vyjadruje sa tiež k návrhu dekana na zriadenie, zlúčenie, splynutie, rozdelenie alebo zrušenie pracovísk fakulty. Filozofická fakulta má svoje zastúpenie taktiež v senáte Trnavskej univerzity, a tak sa výrazne podieľa na samosprávnom riadení tejto inštitúcie.